“COG”是Cluster of Orthologous Groups of proteins.构成每个COG的蛋白都是被假定为来自于一个祖先蛋白，并且因此或者是orthologs或者是paralogs。Orthologs是指来自于不同物种的由垂直家系（物种形成）进化而来的蛋白，并且典型的保留与原始蛋白有相同的功能。Paralogs是那些在一定物种中的来源于基因复制的蛋白，可能会进化出新的与原来有关的功能。

我们开发了一套程序名为COGPipeline, 可以调动NCBI blast+将核酸序列和蛋白序列对COG库进行序列相似性比较，提取COG注释，并调用R进行统计绘图。

COG分析结果：示例

多个表放在一个excel文件中

Identity的分布图	Score的分布图

每个英文大写字母代表一种COG功能，柱状图中的数字是基因或蛋白的数目